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Conta-nos a história de uma evolução da humanidade, seres chamados Diclonius. São humanos aparentemente normais, mas que nasceram com chifres, e uma habilidade especial chamada de Vectors. Por isso, são socialmente excluídos e são alvo de um forte preconceito. As crianças sofridas, vão alimentando um ódio pelos humanos por estes as terem rejeitado e assim, vão matando sem piedade todos os que se lhes aproximam. A história começa quando uma Diclonius chamada Lucy foge de um centro de pesquisas situado numa ilha, fortemente protegido por uma força armada. Escapa matando todos os que a confrontaram porém, cai ao mar quando um atirador a atinge no seu capacete.
Entretanto, o jovem Kouta encontra-se com a prima Yuka na praia, com o objectivo de recordarem o seu passado. Deparam-se assim com uma jovem nua no mar que apenas sabe dizer "nyuu". É Lucy, que perdeu a memória. Kouta e Yuka apelidam-na por Nyuu e levam-na para a casa de Kouta, uma antiga pensão abandonada que ele tem de guardar.
Em contrapartida, o centro de pesquisas desespera para encontrar Lucy e envia assassinos profissionais e outras Diclonius procura-la com o objectivo de matá-la. No entanto, a série traz-nos imensas reviravoltas e histórias secundárias, que torna "Elfen Lied" numa história extremamente viciante e emocionante. A série acompanha também inúmeras influências artísticas, baseadas em passagens bíblicas e arte simbólica.
São assim tratados temas como a rejeição, o egoísmo, a vingança, a diferença, bullying, a inocência da infância e, até, o abuso sexual em menores. O lado mais cruel do Homem. Por juntar cenas como o erotismo, nudez, terror e violência, a anime não é aconselhável a menores nem a pessoas sensíveis.
Desengane-se quem pensa que as animes não pudessem ser tão emocionantes e cativantes. Que venham mais!